Mikroskopiefilter werden bei vielen Mikroskopieanwendungen zur Verbesserung des Kontrasts, zur Blockung des Umgebungslichts, zur Entfernung von schädlichem ultravioletten oder infrarotem Licht oder zur selektiven Transmission bestimmter Wellenlängen eingesetzt. Mikroskopiefilter sind optische Filter, die auf den Einsatz in der Mikroskopie abgestimmt sind. Mikroskopiefilter werden häufig in Anwendungen wie Fluoreszenzbildgebung sowie Hellfeld- oder Dunkelfeldmikroskopie eingesetzt.